Csúcson járt a szenci labdarúgás az ezredfordulón és a kétezres években. Három évad az élvonalban (1999/2000: 10. – 16 tagú mezőny, 2006/2007: 8. – 12 tagú mezőny, 2007/2008: 10. – 12 tagú mezőny), két Szlovák Kupa-döntő (2002, 2007), egyszer-egyszer II. ligásként Szlovák-Kupa- és Szuperkupa-győzelem (2002-ben is a bajnok és a kupagyőztes játszotta). Ennél jobb eredményei nem voltak a mezővárosban 1919 óta jegyzett focinak. Mégsem emlékeznek kitörő örömmel erre az időszakra Szencen. Voltak kimagasló eredmények, de helybeli elvétve került a csapatba, ráadásul a klubcserék is sok furcsaságot hoztak felszínre. Abban az időben tizenöt évig Daniel Bartko volt a tulajdonos, majd következett a Daniel a Jammer (német befektető) és Jozef Valovič-éra, mely az élvonalbeli játékjog Dunaszerdahelyre való kerülésével ért véget.
Nagy kupasikerek, feljutás
Pillantsunk bele ebbe az időszakba. Amikor a VTJ Kobában Daniel Bartko befejezte pályafutását és csapatvezetői munkáját a helyi kafiléria támogatásával, színtiszta amatőr klubként Hegysúron játszott a csapat. Fokozatosan nőtt a klub szerepe. Bartko gyorsan rájött, hogy saját tevékenységet is kell folytatni, és az építőiparban is elkezdett vállalkozni. Minden évben feljutottak, s amikor összeomlott az addigi szenci foci, a Koba készen állt a vezetőszerep átvételére a városban. Ekkor jöttek a nagy kupasikerek, majd egy évad az élvonalban. Amikor évekkel később a Koba kilátástalan helyzetbe került (mert idővel ez is bekövetkezett), Bartko felkérte Jozef Valovičot, vállalja el edzőként a II. ligás csapatot. Időközben kiderült, hogy Bartko egyedül nem győzi a finanszírozást, Valovič frankfurti ismerőséhez, Daniel Jammerhez fordult, hogy vegye meg a szenci klubot. A tárgyalások után a német 80 százalékos klubtulajdonos lett, Valovičnak 20 százalék jutott.
Két évad az élvonalban
2005. februárjában Jozef Valovič ezt nyilatkozta az Új Szónak: „Szeretnénk egy ízig-vérig profi futballklubot létrehozni Szlovákiában. Felesleges felhajtás nélkül dolgozunk, az idén a bennmaradást, jövőre már az élvonalba feljutást tűzzük ki célul.“ Ez 2006-ban be is következett, és még egy ráadásévad is jött a legjobbak között. Aztán fordult a kocka, mert meggyengült az akkor már FC Senec néven jegyzett klub. Két ászuk, Michalík és Harsányi Boltonba ment légióskodni, s az anyagi háttér is romlott. 2007-ben Jammer visszakérte a klubba befektetett pénzét, és befejezte együttműködésüket. Új szponzorra volt szükség. Ekkor került a képbe Movszeni és Antal Barnabás, a DAC akkori klubelnöke, és egy év múlva eladták a klubot Dunaszerdahelyre. Szencen pedig később ŠK Senec, majd MŠK Senec volt, van.
Legjobb barátja becsapta
A klubcserével kapcsolatban Daniel Bartko is elmondta véleményét A My Senec-Pezinok hetilapnak 2014-ben adott terjedelmes interjúban: „Karol Jokl csalogatott el Szencre – mesélte a kelet-szlovákiai Važec szülötte. – A szenci csapat akkor a II. ligába jutásért harcolt, és 1978. július elsején egy öreg Škodán érkeztek hozzám azzal a kéréssel, hogy nem segítenék-e nekik. Vittem magammal két játékostársat, s velük kiharcoltuk a feljutást. Később tizenöt évnyi klubvezetői tevékenységem során a hegysúri indulást követően Szencen kötöttünk ki, s a legalacsonyabb osztályból az I. ligába tornáztuk fel magunkat. 2002-ben a két kupa elhódításával az év legjobb futballklubja lettünk Szlovákiában. Kiharcoltuk az UEFA-kupa-szereplést (a jelenlegi Európa Liga elődje – a szerkesztő megj.). Gyönyörű időszak volt, bár szomorúan végződött, amit soha nem lehet elfelejteni. Azzal kezdődött, hogy nem akadt szponzor Szencen, és az energia-fogyasztás megtérítésén kívül a város nem segített. Magam és vállalkozótársam állta a kiadásokat. Később nagy irigység lett úrrá az emberekben, mert állítólag sok pénzt kaptam Rezeš úrtól (időközben Daniel Bartko párhuzamosan az 1. FC Košice vezérigazgatója volt, a kassai klubtulajdonos pedig az éppen említett nevű későbbi miniszter – a szerkesztő megj.), és nincs szükségem többre. Ez nem volt igaz. Fokozatosan elapadtak a pénzforrásaink, és tovább már nem bírtuk húzni támogatás nélkül. És akkor bekövetkezett... Igen, a klub Dunaszerdahelyre áthelyezéséről van szó. De ezt Valovič úr több piszkossága előzte meg, becsapott engem, s máig fáj ettől a szívem. Megbíztam benne, megtalálta Jammer urat, és hátrányos szerződést írtam alá, mert még véletlenül sem jutott az eszembe, hogy a legjobb barátom így becsapjon. Nem sokkal később eladta a klubot a Csallóközbe az araboknak, és én csak morzsákat láttam belőle. Nagy bolond voltam.”